Sub Direktorat Kerjasama dan Kelembagaan mempunyai tugas melaksanakan pembinaan dan pelayanan perumusan kerjasama pendidikan dengan lembaga/instansi dalam dan luar negeri berdasarkan sasaran, program, dan kegiatan yang ditetrapkan oleh Direktur.
Dalam melaksanakan tugas, Sub Direktorat Kerjasama dan Kelembagaan menyelenggarakan fungsi :
- Penyusunan kerjasama luar negeri pada perguruan tinggi agama Islam;
- Penyusunan karjasama dalam negeri pada perguruan tinggi agama Islam;
- Penyusunan rencana pengembangan kelembagaan.